The NIST Library Approach

La piattaforma bioinformatica commercializzata da ISB è basata sull'utilizzo di un computer ad alta efficienza di calcolo e sull'ausilio di librerie di spettri di biomarcatori, per la diagnosi precoce di varie patologie cliniche (Cristoni S. et al., Rapid Comunication in Mass Spectrometry, 2009 Sep; 23(17):2839-45).

Essa consiste nella creazione di differenti librerie di profili peptidico-metabolici (spettri di massa) acquisisti partendo ad es. da campioni di plasma di soggetti sani e tumorali. Il profilo di ciascun soggetto viene quindi inserito nella corretta libreria (sani o tumori) in modo da creare un database che si arricchisce man mano che vengono analizzati i soggetti.

Il software confronta uno spettro incognito direttamente con ciascuno degli spettri contenuti nel database e assegna così l'appartenenza del campione a una delle due librerie, per similarità.

Questo approccio consente non solo di classificare un campione, ma anche di effettuare un high-throughput screening di possibili biomarcatori in quanto è in grado di confrontare fra loro i picchi di massa presenti nei diversi spettri acquisiti e di valutare eventuali differenze quali-quantitative.

Perché l’analisi dei peptidi che si ottengono è in un certo senso simile a quella che si fa nell’ICAT (isotope-coded affinity tag) con il vantaggio che non bisogna marcare i campioni (labeling), ma il confronto fra i campioni avviene tramite la massa esatta. ISB, con l'utilizzo della sorgente SACI, ha sviluppato un nuovo approccio denominato "label free" per la valutazione delle differenze di espressione proteica tra 2 campioni.

La rivoluzione consiste nella messa a punto di un sistema innovativo applicato all'analisi di dati provenienti dalla spettrometria di massa ottenuti da estratti proteici separati su gel monodimensionale. Il vantaggio di questa tecnica rispetto ad un approccio tradizionale (2DE) consiste :

  • ottenere risultati in tempi minori
  • considerare tutte le proteine del campione
The NIST Library Approach
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